Pivovar Klášter dostal své jméno podle kláštera řádu Cisterciáků, který byl založen ve druhé polovině 12. století, nejspíš už v roce 1177. Velkolepý klášter tehdy patřil k nejvýznamnějším církevním objektům ve střední Evropě. Do dnešních dní se ovšem z kláštera, vystavěného ve stylu francouzské gotiky, zachovala pouze brána s překrásným portálem, která stojí na nádvoří současného pivovaru.

     Cisterciácký klášter, kde nějakou dobu působil i Mistr Jan Hus, dobyli 30. dubna 1420 pomocí lsti husiti a nenávratně ho vyplenili, včetně jeho bohaté knihovny, prý jedné z nejvýznamnějších na území Českého království. Klášter už od té doby nebyl nikdy obnoven.

      Podle legendy přežil útok husitů jen opat a čtyři mniši, kterým se podařilo uprchnout tajnou chodbou na nedaleký hrad Bezděz. S sebou si prý odnesli část pokladu nevyčíslitelné hodnoty, zbytek však museli nechat na místě a zasypali jej do jedné ze studní. Husité klášter po dobytí důkladně prohledali, ale marně, poklad jako by se propadl do země. Ani nikomu z novodobých hledačů se nevedlo lépe. Poklad tak dodnes čeká někde v hloubce pod pivovarem na svého nálezce.

     Pivo začal jako první v Klášteře vařit Jiří Labouňský z Labouně, který si zde nechal vystavět renesanční zámek. Jeho pivovar vznikl v roce 1570. Nestál však na místě toho stávajícího nahoře na kopci, ale dole u jeho úpatí.

    V roce 1612 kupuje panství majitel blízkého Mnichova Hradiště Václav Budovec z Budova. Ten byl jedním z 27 českých pánů popravených v roce 1621 po bitvě na Bílé Hoře na pražském Staroměstském náměstí, jeho majetek poté přešel do rukou Albrechta z Valdštejna. Rod Valdštejnů byl majitelem zdejšího panství i pivovaru až do roku 1945.

     Začátek moderního pivovarnictví v Klášteře je spojen s rokem 1864. V tomto roce zde rod Valdštejnů nechal zbudovat jeden z nejmodernějších pivovarů své doby. Koncem 19. století patřil pivovar Klášter mezi sedm největších pivovarů v českých zemích. Budovy postavené před necelými 150 lety slouží výrobě piva dodnes.

      Už od středověku vznikaly ve skále pod pivovarem téměř dvě desítky metrů hluboké sklepy, které posléze začaly sloužit pivovarské výrobě. Pivo v nich kvasí a dozrává dodnes. V části sklepních prostor se také nachází proslulá Restaurace Skála, kde se čepuje klášterské pivo.

      Až do konce druhé světové války, kdy byl pivovar znárodněn, zde byli zaměstnáni tři zahradníci, kteří se mimo jiné starali i o několik skleníků. K vytápění této netradiční součásti pivovaru se používala pára a teplá voda, která byla odpadním produktem z pivovarské výroby. O Vánocích si tak zaměstnanci pravidelně odnášeli kromě své mzdy i čerstvou zeleninu.​